Le tombe dei Malatesta di Fano vennero trasferite dalla sala interna della ex chiesa costruita in onore di San Francesco, oggi giorno antico rudere monumentale senza copertura, nel sottoportico e li vennero ricomposto nel 1659.
Cosi come lo si può vedere oggi, esso è il risultato di una ricostruzione neogotica, opera dell’ingegnere Filippo Bandini del 1850. La Tomba di Paola Bianca Malatesti, ovvero la prima moglie di Pandolfo III, è ornata e abbellita da mensole, piccole statue, colonnette tortili e archetti pensili, il tutto a coronare l’immagine della defunta, giacente proprio sul coperchio dell’elaborato e famoso sarcofago.
Si tratta comunque di un autentico capolavoro della scultura tardogotica in importazione da Venezia, a cura del Maestro Filippo di Domenico. Molto più modesta è invece la Tomba di Bonetto di Castelfranco, creata per volere di Sigismondo Malatesti, con l’obiettivo di ospitare tutte le spoglie del fedele medico personale. Nella zona opposta al portale invece, domina la Tomba rinascimentale di Pandolfo III Malatesti, voluta dal figlio Sigismondo che fece affidare il disegno di essa a Leon Battista Alberti.
Durante i recenti restauri a cui è stata sottoposta tutta la struttura, è stato ritrovato casualmente il corpo mummificato appartenente a Pandolfo III.